Santo Agapito I nasceu em Roma, era filho de Gordiano e, na época de sua eleição, era arcipreste da Basílica Santi Giovanni e Paolo.

Logo no início do pontificado, já tinha que resolver a questão dos bispos africanos que haviam se tornado arianos. A resposta do Papa foi que os bispos deveriam se contentar com a readmissão à Igreja, sem tentarem readquirir seus antigos postos no clero.

Atalarico, rei dos ostrogodos e amigo do papado, faleceu e Teodato assumiu seu lugar. Preocupado com a derrota dos vândalos e certo de que o plano do Imperador Justiniano de reconquistar a Itália para o império estava prestes a se iniciar, pediu que Agapito fosse à Constantinopla.

Ao Chegar, Agapito não teve sorte com Justiniano, assim como São João I com Justino I ao tentar influenciar a ter um rei gótico na corte. Mas ainda assim, sua viagem teve um triunfo pessoal. Justiniano apresentou ao papa sua profissão de fé católica e depôs Ântimo, o patriarca semimonofisista de Constantinopla.

Infelizmente, o Papa São Agapito I faleceu em 22 de abril de 536, na Cidade Imperial. Seu corpo foi enviado à Roma e chegou em 29 de setembro e sendo sepultado na Basílica de São Pedro.