Giovanni Antonio Facchinetti nasceu em Bolonha, em 20 de julho de 1519, filho de Antonio Facchinetti e Francesca Cini, família de origem modesta procedente de Crodo, na diocese de Novara, no norte da Itália. Formou-se em Direito Civil e Canônico pela Universidade de Bolonha, obtendo o doutorado em 1544, e foi ordenado sacerdote no mesmo ano. Iniciou carreira como secretário do cardeal Nicolau Ardinghelli, ingressando depois no serviço do influente cardeal Alessandro Farnese. Ao longo de décadas, exerceu diversas funções administrativas e diplomáticas de relevo: governador de Parma, referendário da Assinatura Apostólica, bispo de Nicastro a partir de 1560, e, como legado papal em Veneza, teve papel destacado na formação da Liga Santa que uniu as potências marítimas católicas contra o Império Otomano e culminou na célebre vitória naval de Lepanto, em 1571.

Em 1572, tornou-se Patriarca Latino de Jerusalém, título honorífico que manteve por mais de uma década, e em dezembro de 1583 foi elevado a cardeal-presbítero de Quatro Santos Coroados pelo papa Gregório XIII — daí ser frequentemente designado ""Cardeal de Santiquattro"". Durante o pontificado do enfermiço Gregório XIV, o peso considerável da administração papal recaiu sobre seus ombros como prefeito da Assinatura Apostólica, dada sua vasta experiência e reconhecida competência jurídica.

Após três votações realizadas entre 28 e 29 de outubro de 1591, Facchinetti foi eleito papa, adotando o nome de Inocêncio IX. Manteve-se fiel, durante seu breve pontificado, à causa de Filipe II e à Liga Católica em sua luta contra o rei Henrique IV da França, dando continuidade à política de seu predecessor.

Apesar da extrema brevidade de seu governo — pouco mais de dois meses —, Inocêncio IX tomou medidas administrativas relevantes: proibiu a alienação de bens pertencentes à Igreja Romana e, em consistório realizado em 3 de novembro de 1591, comunicou aos cardeais sua intenção de constituir um fundo de reserva financeira para fazer frente a despesas extraordinárias, revelando preocupação com a estabilidade econômica da Santa Sé. Também deixou registros de sua erudição pessoal: era autor de diversos escritos teológicos e filosóficos, entre eles "Moralia quaedam theologica" e "Adversus Machiavellem", este último uma crítica ao pensamento político de Maquiavel, embora boa parte de sua obra tenha permanecido inédita. Faleceu em Roma, em 30 de dezembro de 1591, apenas dois meses após sua eleição, impedindo que pudesse concretizar planos mais amplos de reforma administrativa e eclesiástica que pretendia empreender.