Bonifácio nasceu em Roma e era filho de João Cataadioce. Foi eleito Papa quase um ano após a morte de Sabiniano.

Assim como Sabiniano, Bonifácio III foi apocrisiário do Papa Gregório I, porém, mais bem sucedido que Sabiniano em Constantinopla. Conquistou a amizade do imperador Focas, conseguindo que ele abandonasse o título de “patriarca ecumênico”, pois este, pertencia somente ao Papa.

O ato mais notável de Bonifácio II foi convocar um sínodo que excomungava todo aquele que, durante a vida de um Papa ou bispo, discutisse sobre seu sucessor ou fizesse pressão em favor dele. Proibiu, também, novas eleições antes do enterro do predecessor.