Nascido no México, ele inicialmente teve uma juventude marcada por um caráter vivaz, indisciplinado e briguento. No entanto, em um dia, ele anunciou à sua mãe que havia decidido se tornar um franciscano. Embora sua mãe não acreditasse, ele cumpriu sua promessa e ingressou na Ordem Franciscana.

No entanto, seu noviciado foi breve, e ele retornou à casa de seus pais. Posteriormente, foi enviado às Filipinas para se dedicar ao comércio, mas continuou vivendo uma vida de diversão e desperdício com amigos. Quando ficou sem dinheiro e seus amigos o abandonaram, ele se arrependeu profundamente, pediu perdão a Deus e suplicou aos franciscanos que o readmitissem na Ordem.

Seu pedido foi aceito, e Felipe dedicou-se à oração, à penitência e a uma vida de profunda união com Deus. Eventualmente, seus pais pediram que ele retornasse ao México para concluir seus estudos e ser ordenado sacerdote. Enquanto viajava de Manila para o México, Felipe teve uma visão de uma cruz que o levou a acreditar que seu destino estava no Japão.

No entanto, durante a viagem, a embarcação foi capturada pelos japoneses, e Felipe foi feito prisioneiro. Ele foi transferido para o convento de Osaka e, posteriormente, para Meaco, onde se preparou para o sacerdócio sob a orientação de São Pedro Batista. No entanto, o martírio o esperava.

Felipe de Jesus, junto com seus coirmãos e outros franciscanos da Ordem Terceira, foi preso e condenado à morte na colina de Nagasaki. Ele tinha apenas 23 anos de idade quando enfrentou o martírio, dando sua vida por sua fé. São Felipe de Jesus é reverenciado como um mártir e é o patrono do México.