Estêvão VI era filho de um romano, nobre, chamado Adriano. Seu primo, Bispo Zacarias, o ensinou muito enquanto era bibliotecário da Santa Sé.

Estêvão VI era conhecido por ser instruído e devoto. O Papa Marinho I o nomeia cardeal da Basílica de Santi Quattro Coronati. Eleito por unanimidade, não quis esperar a confirmação imperial e Carlos II a concedeu, visto as circunstâncias de sua eleição.

Seu papado começa com um desafio, uma praga de gafanhotos assolou as plantações, causando fome na cidade inteira. Como o tesouro papal estava vazio, teve que recorrer à fortuna da família para comprar alimentos, reparar construções e libertar cativos.

Estêvão VI passou ainda por diversos casos de insubordinação de cardeais e bispos que desobedeciam às leis canônicas, tento que ele mesmo, muitas vezes, ordenar e consagrar os padres e bispos.

No império bizantino, existia um cisma, e quando Basílio I falecei e Leão VI assumiu o trono, o papa pediu que depusessem Fócio, criador do cisma. Leão VI obedeceu e enviou Fócio para um mosteiro, onde ficou até falecer em 891. Solucionando assim o Cisma do Oriente.

O Papa Estevão VI falece em um cenário complicado, tentando expulsar os muçulmanos que haviam invadido cidades cristãs. Estevão VI foi sepultado próximo da Basílica de São Pedro.