Após, provavelmente pela forma repugnante com que levava a vida, ter sido incapaz de conquistar sua prometida e aproveitando-se da morte de Clemente II, Bento IX volta a Roma para ocupar pela terceira vez o trono, reinando como das outras vezes.

O povo de Roma e até mesmo o imperador, Henrique III, cansados de sua leviandade, expulsam oficialmente Bento IX de Roma.

Cansado de uma vida agitada, despudorada e cheia de aventuras, o displicente pontífice de alguma forma cai em si. Refugia-se na Abadia de Grottaferrata e se torna discípulo de Bartolomeu.

Influenciado por seu novo confessor, Bento IX abdica não só da vida que tinha, mas das posses, conduta pecaminosa e vive o resto de sua vida como penitente.