Nascido romano, Estêvão IX foi eleito enquanto era cardeal da Igreja de San Silvestro e San Martino.

Estêvão IX era leal à memória de Carlos Magno, mesmo sendo capelão de Alberico. Por este motivo, obrigou os franceses a serem fiéis ao rei, Luís IV.

Estêvão IX continuou a reforma iniciada por Leão IX, o qual acompanhou nas viagens à Constantinopla enquanto era cardeal. No regresso de sua viagem, teve que esconder-se para escapar da perseguição do imperador Henrique III.

Estêvão IX enviou cardeais à Alemanha para moralizar o clero e informar a imperatriz-mãe de sua eleição. Tinha planos de enviar cardeais à França, tinha começado as negociações com a Igreja grega e tentava deter a invasão dos normandos quando adoeceu gravemente.

Em seu leito de morte, pediu que não elegessem outro papa antes de que os cardeais em viagem retornassem. Seu corpo está sepultado em Florença, na Igreja de Santa Reparata.