Giulio Rospigliosi nasceu em 1600 na família Rospigliosi, uma família nobre de Pistoia, no Grão-Ducado da Toscana, filho de Giacomo e Caterina Rospigliosi. Ele estudou no Seminário Romano e posteriormente na Universidade de Pisa, como aluno dos jesuítas. Ele obteve doutorados em teologia, filosofia, direito civil e canônico em 1623. Após receber seu doutorado, lecionou teologia lá como professor entre 1623 e 1625.

Ele era popular entre o povo de Roma, não tanto por sua erudição e dedicação aos negócios, mas por sua extrema caridade e afabilidade tanto com os poderosos quanto com os humildes. Ele conquistou a boa vontade de seus súditos ao comprar o monopólio do "macinato", ou seja, o privilégio de vender grãos, e, como seu antecessor já havia arrecadado dinheiro para esse fim, Clemente IX teve o decreto publicado em nome de Alexandre VII. Duas vezes por semana, ele ocupava um confessionário na Igreja de São Pedro e ouvia quem desejasse se confessar com ele. Ele frequentemente visitava hospitais e era generoso em esmolas para os pobres. Em uma época de nepotismo, ele fez pouco ou nada para promover ou enriquecer sua família. Em sua aversão à notoriedade, ele se recusava a permitir que seu nome fosse colocado em prédios construídos durante seu reinado.

Como papa, Clemente IX manteve seu interesse pelas artes. Ele embelezou a cidade de Roma com obras famosas encomendadas a Gian Lorenzo Bernini, incluindo os anjos da Ponte Sant'Angelo e a colunata da Basílica de São Pedro. Ao contrário dos papas da época, Clemente IX não colocou seu nome nos monumentos que construiu. Ele também inaugurou o primeiro teatro de ópera público em Roma. Para as celebrações do carnaval de 1668, ele encomendou a Antonio Maria Abbatini, da Capela Sistina, a escrita do drama religioso "La Baltasara", que teve cenários projetados por Bernini.

Clemente IX trabalhou para fortalecer as defesas venezianas contra os turcos na ilha de Creta. No entanto, ele não conseguiu obter um apoio mais amplo para essa causa. No final de outubro de 1669, Clemente IX ficou doente depois de receber a notícia de que a fortaleza veneziana de Cândia em Creta havia se rendido aos turcos.