Paolo Scolari nasceu em Roma, no bairro da Pigna, filho de Giovanni e sua esposa Maria, família de elevado nível social, embora não pertencente à nobreza titulada — segundo alguns estudiosos, aparentado à mãe do futuro papa Inocêncio III. Foi elevado a cardeal em março de 1179 pelo papa Alexandre III, tornando-se posteriormente cardeal-bispo de Palestrina.

Após a morte do papa Gregório VIII, ocorrida em Pisa apenas dois meses após sua própria eleição, enquanto se preparava para organizar a reconquista de Jerusalém, os cardeais reunidos naquela mesma cidade elegeram Scolari já dois dias depois, em 19 de dezembro de 1187. Adotou o nome de Clemente III, tornando-se, notavelmente, o primeiro romano de nascimento a ocupar o trono papal desde os tempos conturbados da rebelião de Arnaldo de Bréscia, décadas antes — circunstância que tornou sua eleição particularmente bem recebida pela população da Cidade Eterna, ávida por reconciliação após anos de tensão entre o papado e a comuna romana.

Consciente de que sua origem romana representava uma oportunidade única de pacificação, Clemente III dedicou-se, já em fevereiro de 1188, a negociar um acordo duradouro com o Senado de Roma, que lhe permitiu finalmente reinstalar de forma estável a sede papal na cidade após um exílio de cerca de seis anos vivido por seus antecessores — conquista de considerável importância simbólica e prática para a consolidação da autoridade pontifícia sobre sua própria capital histórica. Diante de um Colégio Cardinalício considerado insuficiente, promoveu ao longo de seu pontificado a nomeação de trinta e um novos cardeais em apenas três anos, o maior número desde os tempos de Adriano IV.

O eixo central de seu governo, porém, foi dar continuidade ao apelo lançado por seu antecessor Gregório VIII para uma nova cruzada de reconquista da Terra Santa, catastroficamente perdida para o sultão Saladino após a derrota cristã na Batalha de Hattin. Clemente III empenhou-se com afinco na reconciliação diplomática entre as principais potências cristãs, obtendo na Dieta de Mogúncia uma aliança sem precedentes entre monarcas europeus rivais: convenceu o imperador Frederico Barba-Ruiva, o rei Ricardo Coração de Leão da Inglaterra e o rei Filipe Augusto da França a se unirem, ao menos temporariamente, em torno da causa comum da Terceira Cruzada — a maior mobilização militar cristã organizada até então para a libertação de Jerusalém.

No plano eclesiástico, Clemente III é também lembrado por ter libertado formalmente a Igreja da Escócia da subordinação ao primaz da Inglaterra, submetendo-a diretamente à autoridade da Santa Sé — decisão que fortaleceu a autonomia religiosa escocesa e limitou a influência dos arcebispos ingleses ao norte das ilhas britânicas.

Faleceu em Roma, em 27 de março de 1191, pouco antes da conquista da cidade de Acre pelos exércitos cruzados — não vivendo, portanto, para testemunhar tanto os sucessos parciais quanto os fracassos finais da Terceira Cruzada que tão arduamente ajudara a organizar, nem os novos conflitos que se seguiriam entre o papado e a Casa de Hohenstaufen com a morte, sem sucessão clara, do rei Guilherme II da Sicília.