Bonifácio II, filho de Sigisbaldo, foi nomeado arcediago pelo Papa São Félix III, abrindo assim um caminho para o primeiro papa de ascendência germânica.

Quando o Papa Félix III estava em seu leito de morte, chamou todo o seu clero, alguns senadores e patrícios romanos e, diante deles, concedeu seu pálio a Bonifácio e excomungou todo aquele que fosse disputar a sucessão do trono de Pedro.

A maioria do clero não aceitou e em 22 de setembro de 530, cinco dias após o então Papa Felix II falecer, elegeram ilegalmente Dióscoro como Papa, pois não aceitavam Bonifácio II. Tudo indicava que haveria um cisma na Igreja. Mas Dióscoro, que já tinha idade avançada, faleceu 22 dias após sua "eleição" e a essa altura, o clero já havia aceitado Bonifácio como Papa e em um sínodo realizado, excomungaram Dióscoro postumamente e seus apoiadores pediram perdão formalmente.

Bonifácio II chegou a aprovar uma constituição que permitia que os papas escolhecem seus sucessores, mas foi rapidamente revogada.

Em outras frentes, foi mais bem sucedido. Aprovou os atos do Segundo Concílio de Orange, condenando o que restou do semipelagianismo. Decretou o reconhecimento do bispo de Cartago como primaz da África.

Em 532, Hilderico, rei dos vândalos, foi deposto e, em represália, Justiniano rompeu a aliança com os Vândalos, que fora concluída por Zenão, e se preparou para uma guerra. Contudo, apesar do inicio de seu pontificado ter sido tumultuado, teve um fim pacífico.