São João da Cruz nasceu em 1542 em Fontiveros, Ávila. Ele tinha três irmãos: Francisco, Luis e Juan. Após a morte de seu pai, Gonzalo, quando Juan ainda era criança, sua mãe, Catalina, enfrentou dificuldades financeiras. Ela buscou ajuda dos parentes de Gonzalo em Toledo, mas não obteve sucesso. A família viveu em situação de pobreza, e Catalina tentou encontrar trabalho em diferentes cidades.

Quando Juan era jovem, Catalina o matriculou em uma escola local, mas devido à sua situação financeira precária, ele teve que trabalhar como enfermeiro no Hospital de la Concepción para ajudar a sustentar a família. Em 1563, Juan ingressou na ordem carmelita como noviço e professou no ano seguinte. Ele estudou na Universidade de Salamanca por alguns anos antes de conhecer Santa Teresa de Jesus em 1567.

Impressionado pelas ideias de Santa Teresa, Juan expressou o desejo de se tornar um carmelita. No entanto, Santa Teresa o convenceu a se juntar à nova família carmelita que ela estava organizando. Juan colaborou com Santa Teresa na fundação de conventos em Valladolid e Duruelo, onde ele foi nomeado mestre de noviços. Ele foi posteriormente transferido para Mancera e depois para Pastrana, onde organizou o noviciado.

Em 1571, Juan foi solicitado por Santa Teresa para servir como confessor no convento de La Encarnación em Ávila. Lá, ele ganhou fama como um exorcista e diretor espiritual habilidoso. No entanto, ele acabou sendo preso pelos carmelitas de Ávila, permanecendo em cativeiro por nove meses até conseguir escapar.

Após sua fuga, Juan participou de reuniões dos carmelitas descalços em Almodóvar del Campo, onde foi nomeado superior do convento de Calvario em Jaén. Ele fundou um convento-colégio em Baeza e se tornou seu reitor em 1579. Em 1582, Juan se mudou para Granada, onde serviu como prior do convento de Sanlúcar.

São João da Cruz é conhecido por suas contribuições para a mística cristã e é considerado um dos maiores poetas da língua espanhola. Suas obras literárias, como "Cântico Espiritual" e "Noite Escura da Alma", refletem sua profunda espiritualidade e busca pela união com Deus.