São Bonifácio IV nasceu em Valéria, na província de Marsi e era filho de um médico, chamado João.

Foi monge no mosteiro de San Sebastiano, ordenado diácono pelo Papa São Gregório I e nomeado administrador do Patrimônio de São Pedro.

Um de seus atos notáveis, foi conseguir permissão do Imperador para que o Panteão – templo pagão dedicado a Júpiter, Marte e Vênus – fosse convertido em uma Igreja. Em 13 de maio de 609, o Panteão se torna a Igreja de Sancta Maria ad Martytres. Foi ornamentada com relíquias trazidas das catacumbas em 28 carroças que foram dispostas sob o novo altar.

Melito, chegou a Roma nesta época para discutir sobre a Igreja Inglesa e participar de um sínodo. Bonifácio recebeu bem Melito e ensinou sobre diversas questões administrativas e religiosas. Essa visita marcou a boa relação entre Roma e a Inglaterra, que durou até Henrique VIII.

São Columbano, monge irlandês e fundador da abadia de Luxeuil, escreveu uma carta respeitosa e ofensiva ao Papa, pedindo que ele se retratasse da condenação dos Três Capítulos e repudiasse Constantinopla. Bonifácio IV recusou, mas não malquis São Columbano pelo ataque.

Durante seu papado os lombardos estavam calmos, mas havia a fome, doenças e enchentes e os persas haviam invadido a Síria e Palestina e tomaram Jerusalém. Além dos persas terem ocupado um dos lugares mais importantes para os cristãos, haviam também, roubado a Vera Cruz como troféu de guerra.

São Bonifácio IV faleceu um ano depois, em 615. Sua festa é celebrada em 25 de maio na sua cidade natal, Marsi.