São Francisco Xavier nasceu em 7 de Abril de 1506, em Xavier, Reino de Navarra, na península Ibérica. Sendo o caçula da família, seu pai, Juan de Jasso, era conselheiro aristocrático do Rei de Navarra, João III, enquanto sua mãe, Maria de Azpilicueta y Xavier, vinha de uma nobre família da região.

O ano de 1512 trouxe um tumulto à vida de Francisco e sua família. Tropas castelhanas e aragonesas invadiram o Reino de Navarra, resultando na resistência heróica de sua família. Embora a batalha tenha sido perdida em 1515, seus irmãos foram inicialmente presos e condenados à morte, mas conseguiram ser libertados posteriormente.

Quando tinha apenas nove anos, seu pai faleceu, deixando Francisco aos cuidados de sua mãe. Aos catorze anos, ela o enviou ao Colégio de Santa Bárbara, em Paris, onde ele se preparou para a universidade. Lá, estudou literatura, humanidades e filosofia, dominando o francês, italiano e alemão. Se destacou não só em estudos, mas também em atividades esportivas, vencendo uma competição de salto em altura entre estudantes.

Durante seu tempo em Paris, São Francisco Xavier cruzou caminhos com Inácio de Loyola, um futuro santo e fundador da Ordem dos Jesuítas, com quem ele compartilhava um quarto juntamente com outros jovens. Juntos, eles formaram a Companhia de Jesus, uma ordem religiosa que fez voto de pobreza e recebeu reconhecimento papal em 1541. Francisco foi ordenado sacerdote em Veneza, em 24 de junho de 1537.

Sua vida missionária começou em 1543, quando partiu para a Índia. Na Costa de Pescaria, ele encontrou pescadores locais que se identificaram com o cristianismo devido à aceitação da profissão deles. Seu trabalho frutificou na conversão das pessoas locais e teve impacto nas ilhas da Indonésia Oriental, o que lhe rendeu o título de "Apóstolo das Índias".

Após alcançar sucesso na Índia, Francisco partiu para o Japão em 1549. Com paciência e perseverança, ele aprendeu a língua japonesa e estabeleceu congregações religiosas em várias cidades. Seu trabalho teve frutos, e ele ficou conhecido por sua devoção à missão e suas habilidades milagrosas, incluindo a capacidade de acalmar tempestades.

Francisco Xavier faleceu em 3 de dezembro de 1552, com o crucifixo dado por Inácio de Loyola ao seu lado. Seus restos mortais foram inicialmente enterrados em Sanchoão e depois transferidos para a Basílica do Bom Jesus de Goa.