Bento nasceu em Roma, filho de um homem chamado João. Ainda jovem, foi enviado à "schola cantorum" romana, instituição dedicada à formação de cantores e clérigos para o serviço litúrgico da Igreja, onde se destacou tanto por seu profundo conhecimento das Sagradas Escrituras quanto por seu talento para o canto sacro — formação que moldaria sua sensibilidade espiritual e artística ao longo de toda a vida. Como sacerdote, era amplamente reconhecido por sua humildade pessoal, seu profundo amor pelos pobres e sua notável generosidade para com os necessitados.

Após a morte do papa Leão II, seguiu-se um longo período de vacância na Sé Apostólica — mais de onze meses —, reflexo direto da persistente prática, então ainda vigente, de exigir a confirmação imperial bizantina antes que qualquer papa eleito pudesse ser efetivamente consagrado. Como os imperadores residiam distante, em Constantinopla, essa exigência frequentemente provocava atrasos consideráveis e sérios inconvenientes práticos para o governo cotidiano da Igreja romana. Bento foi finalmente consagrado papa em 26 de junho de 684, aguardando durante todo esse período a necessária permissão do imperador Constantino IV, também conhecido como Constantino Pogonato.

O feito de maior relevância histórica e institucional de seu breve pontificado — que duraria menos de onze meses — foi justamente sua bem-sucedida iniciativa diplomática para abreviar, de uma vez por todas, essas prolongadas vacâncias papais causadas pela demora nas confirmações imperiais: Bento II conseguiu convencer o próprio imperador Constantino IV a emitir um decreto que ou abolia totalmente a exigência de confirmação imperial para as eleições papais, ou, ao menos, tornava possível obtê-la diretamente do exarca bizantino sediado em Ravena, na própria Itália, dispensando assim a necessidade de longas e demoradas comunicações com a distante capital bizantina — conquista diplomática de grande alcance prático, que aliviaria consideravelmente as futuras transições papais.

Em gesto de particular significado simbólico e afetivo, o imperador Constantino IV chegou a enviar ao papa mechas de cabelo de seus dois filhos, Justiniano e Heráclio, manifestando, segundo o costume simbólico da época, que os considerava filhos espirituais do próprio Bento II — numa demonstração inequívoca da estima e da confiança que o imperador depositava no pontífice romano.

Empenhado em consolidar a vitória alcançada contra o monotelismo no recém-concluído Terceiro Concílio de Constantinopla (680-681), que havia reafirmado solenemente a doutrina ortodoxa das duas vontades em Cristo, Bento II dedicou-se a assegurar as assinaturas formais dos bispos hispânicos aos decretos daquele concílio ecumênico, e trabalhou pela reconciliação de Macário, o deposto patriarca de Antioquia, buscando reconduzi-lo à verdadeira fé ortodoxa. Restaurou também diversas igrejas em Roma durante seu curto governo, e demonstrou genuíno interesse pela Igreja da Inglaterra, apoiando particularmente a causa de São Wilfrido de York em suas disputas eclesiásticas locais.

Faleceu em Roma, em 8 de maio de 685, sendo sepultado na Basílica de São Pedro e posteriormente reconhecido canonizado pela Igreja Católica.