Bernardo Paganelli (também referido como Bernardo de Pisa) nasceu nos arredores de Pisa, filho de um homem chamado Godio; embora tradicionalmente associado à família nobre Paganelli de Montemagno da aristocracia pisana, essa origem nobre é hoje contestada por historiadores, que apontam indícios de uma proveniência mais humilde. Tornou-se cônego do cabildo da catedral de Pisa em 1106 e foi ordenado sacerdote pelo papa Inocêncio II, então residente naquela cidade, entre 1134 e 1137. Profundamente impressionado pela santidade de São Bernardo de Claraval, a quem conheceu durante um concílio em Pisa, ingressou na Ordem Cisterciense em 1138, na abadia de Claraval, tornando-se discípulo dileto do grande mestre cisterciense por cerca de dez anos de intensa vida monástica. Em 1140, Bernardo enviou-o de volta à Itália para dirigir a reforma da abadia de San Anastasio alle Tre Fontane, próxima a Roma, da qual se tornou primeiro abade sob nomeação do papa Inocêncio II.

Após a morte do papa Lúcio II, em 1145, Paganelli foi eleito papa em 15 de fevereiro daquele ano, sendo consagrado em 18 de fevereiro. Adotou o nome de Eugênio III, tornando-se o primeiro papa da história proveniente da Ordem Cisterciense. Ao receber a notícia da elevação de seu discípulo ao papado, São Bernardo de Claraval reagiu com espanto e alegria, escrevendo-lhe carta paternal na qual expressava o desejo de ver a Igreja de Deus restaurada ao espírito dos tempos apostólicos.

Devido ao conflito herdado de seu antecessor com o Senado Romano, que exigia a renúncia papal ao poder temporal sobre a cidade — movimento liderado pelo agitador religioso e político Arnaldo de Bréscia —, Eugênio III viu-se forçado a abandonar Roma repetidas vezes ao longo de seu pontificado, refugiando-se em Viterbo e, posteriormente, na França. Foi justamente a partir de Viterbo, em dezembro de 1145, que emitiu a bula "Quantum Praedecessores", convocando a Segunda Cruzada em resposta à recente queda do Condado de Edessa para forças muçulmanas — notícia que causara profunda consternação na cristandade ocidental. Encarregou seu antigo mestre, São Bernardo de Claraval, da pregação dessa cruzada, missão que este cumpriu com extraordinário sucesso retórico, obtendo o apoio entusiasmado do imperador germânico Conrado III e do rei Luís VII da França.

Contudo, a Segunda Cruzada terminou em fracasso militar, o que abalou profundamente a confiança da cristandade tanto no próprio empreendimento quanto na figura carismática de São Bernardo, que chegou a ser publicamente acusado de falso profeta — golpe que também refletiu negativamente sobre a autoridade e o prestígio do próprio pontificado de Eugênio III. Ainda assim, seu governo teve realizações duradouras: constituiu formalmente o Sagrado Colégio Cardinalício em bases mais organizadas, iniciou a construção do Palácio Pontifício, concedeu privilégios à Ordem dos Cavaleiros de São João de Jerusalém (futura Ordem de Malta) e aos Templários — a quem autorizou o uso permanente da cruz vermelha sobre o manto branco —, e negociou o Tratado de Constança (1153) com Frederico Barba-Ruiva, no qual este se comprometeu a restaurar a ordem nos Estados Pontifícios em troca de futura coroação imperial.

Eugênio III faleceu em Tívoli, em 8 de julho de 1153, antes que Barba-Ruiva pudesse chegar a Roma para receber a coroa prometida; jamais deixou de ser, em espírito, o humilde monge cisterciense que fora antes de sua elevação ao papado. Foi beatificado, sendo hoje venerado como Beato Eugênio III.